Федеральное государственное бюджетное учреждение  «Северо-Кавказская межрегиональная ветеринарная лаборатория» в соответствии с Уставом осуществляет свою деятельность в качестве Испытательного центра, подведомственного Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору, проводит лабораторные исследования современными методами, направленными на диагностику и профилактику болезней животных и птиц, широкий спектр исследований по показателям безопасности и качества животноводческой и растениеводческой продукции, кормов и объектов окружающей среды, проводит лабораторные исследования в области семеноводства и селекционных достижений, карантина и защиты растений, агрохимии, плодородия почв, подтверждения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и комбикормового сырья, охраны, воспроизводства, использования объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты, водных биологических ресурсов и среды их обитания.

На базе Учреждения создан Испытательный центр, функционально объединяющий подразделения лаборатории, который действует на основании Положения об Испытательном центреИспытательный центр аккредитован в национальной системе аккредитации на соответствие требованиям межгосударственного стандарта ГОСТ  ISO/IEC 17025:2019 «Общие требования к компетентности испытательных и калибровочных лабораторий», уникальный номер записи об аккредитации в Реестре аккредитованных лиц № RA.RU. 21ПМ85.

На основании лицензии, выданной Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека №77.99.18.001.Л.000084.05.10 от 17.05.2010 года, Учреждение осуществляет деятельность в области использования возбудителей инфекционных заболеваний человека и животных и генно-модифицированных организмов III - IV степени потенциальной опасности, осуществляемой в замкнутых системах, проводит диагностические исследования материала заражённого или с подозрением на заражённость микроорганизмами II - IV групп патогенности, гельминтами III - IV групп патогенности, хранение музейных штаммов.

В структуру Испытательного  центра входят следующие отделы:

- отдел приема материала;

- отдел пищевой микробиологии и ветеринарно-санитарной экспертизы;

- отдел биохимических и агрохимических исследований;

- отдел токсикологических и радиологических исследований;

- отдел семеноводства;

- отдел серологии, паразитологии и болезней рыб;

- отдел вирусологии и молекулярной диагностики;

- отдел бактериологии, приготовления и контроля питательных сред;

- отдел карантина растений.

С целью подтверждения компетентности проводимых исследований, подтверждения достигнутого уровня точности измерений, а также эффективной оценки своей работы, Учреждение участвует в межлабораторных сличительных испытаниях, как с международным провайдером - ООО «ЦМКТ Компетентность», так и с российскими провайдерами - УНИИМ филиал «ВНИИМ им. Д.И. Менделеева, ФГБУ «ВГНКИ», ФГБУ «ВНИИЗЖ», ФГБУ «ЦНМВЛ», ФГБУ «ВНИИКР», АНО «Роскачество», ФГБУ «Центр оценки качества зерна».